Das Lidcombe-Programm gliedert sich in zwei Phasen.

Während Phase I kommen Kind und Eltern einmal wöchentlich zur Therapie und die Eltern führen die Behandlung täglich zu Hause durch. Phase I ist beendet, wenn das Kind völlige Sprechflüssigkeit oder eine sehr niedrige Stotterrate erreicht hat.

Das Ziel von Phase II ist es, diese Sprechflüssigkeit über einen Zeitraum von mindestens 12 Monaten aufrecht zu erhalten. Während dieser Phase werden die Häufigkeit des elterlichen Feedbacks reduziert und die Abstände der wöchentlichen Therapiestunden konstant vergrößert. Dies geschieht jedoch nur, wenn das Kind seine erworbenen Sprechflüssigkeit aufrechterhalten kann. Diese zweite Phase der Therapie ist sehr wichtig, da bekannt ist, dass es zu Rückfällen kommen nach einem scheinbaren Therapieerfolg kommen kann.

Die Tatsache, dass alle Kinder und ihre Familien sich unterscheiden, wird von der Therapeutin bei der Durchführung der Behandlung berücksichtigt. Während die elementaren Bestandteile des Lidcombe-Programms gleich bleiben, kann die Art, wie sie innerhalb unterschiedlicher Familien eingesetzt werden, deutlich variieren. Die individuelle Anpassung der Behandlung, um auf Kind und Eltern angemessen eingehen zu können, ist ein entscheidender Faktor des Lidcombe-Programms.